Metagenomic analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tumor and normal mucosa reveals differences in the microbiome of colorectal cancer patients
Por:
Debesa-Tur G, Pérez-Brocal V, Ruiz-Ruiz S, Castillejo A, Latorre A, Soto J and Moya A
Publicada:
11 ene 2021
Ahead of Print:
11 ene 2021
Categoría:
Multidisciplinary
Resumen:
An increased risk of developing colorectal cancer (CRC) and other types of tumor is associated to Lynch syndrome (LS), an inherited condition caused by germline mutations in mismatch repair genes. We selected a cohort of LS patients that had developed CRC and had undergone surgical resection. Formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissue blocks from matched colorectal and normal mucosa were used for genomic DNA extraction with a commercial kit and sequenced by high-throughput sequencing. A metagenomic approach enabled the taxonomic and functional identification of the microbial community and associated genes detected in the specimens. Slightly lower taxonomic diversity was observed in the tumor compared to the non-tumor tissue. Furthermore, the most remarkable differences between tumors and healthy tissue was the significant increase in the genus Fusobacterium in the former, in particular the species F. nucleatum, as well as Camplylobacter or Bacteroides fragilis, in accordance with previous studies of CRC. However, unlike prior studies, the present work is not based on directed detection by qPCR but instead uses a metagenomic approach to retrieve the whole bacterial community, and addresses the additional difficulty of using long-term stored FFPE samples.
Filiaciones:
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO), Área de Genómica y Salud, Valencia, Spain
Consorcio de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Madrid, Spain
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO), Área de Genómica y Salud, Valencia, Spain
Consorcio de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Madrid, Spain
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO), Área de Genómica y Salud, Valencia, Spain
Consorcio de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Madrid, Spain
Castillejo A:
Unidad de Genética Molecular, Hospital General Universitario de Elche, Alicante, Spain
Departamento de Salud Elche, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO), Elche, Spain
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO), Área de Genómica y Salud, Valencia, Spain
Consorcio de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Madrid, Spain
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2Sysbio), Universitat de València and Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Paterna, Valencia, Spain
Soto J:
Unidad de Genética Molecular, Hospital General Universitario de Elche, Alicante, Spain
Departamento de Salud Elche, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO), Elche, Spain
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO), Área de Genómica y Salud, Valencia, Spain.
Consorcio de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid, Spain.
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2Sysbio), Universitat de València and Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Paterna, Valencia, Spain.
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