A Real-Time PCR Assay for Detection of Low Pneumocystis jirovecii Levels
Por:
Ruiz-Ruiz S, Ponce CA, Pesantes N, Bustamante R, Gatti G, San Martin V, Gutierrez M, Bórquez P, Vargas SL, Magne F, Calderón EJ, Pérez-Brocal V and Moya A
Publicada:
11 ene 2022
Ahead of Print:
11 ene 2022
Resumen:
Here we report a new real-time PCR assay using SYBR Green which provides higher sensitivity for the specific detection of low levels of Pneumocystis jirovecii. To do so, two primer sets were designed, targeting the family of genes that code for the most abundant surface protein of Pneumocystis spp., namely the major surface glycoproteins (Msg), and the mitochondrial large subunit rRNA (mtLSUrRNA) multicopy gene, simultaneously detecting two regions. PCR methods are instrumental in detecting these low levels; however, current nested-PCR methods are time-consuming and complex. To validate our new real-time Msg-A/mtLSUrRNA PCR protocol, we compared it with nested-PCR based on the detection of Pneumocystis mitochondrial large subunit rRNA (mtLSUrRNA), one of the main targets used to detect this pathogen. All samples identified as positive by the nested-PCR method were found positive using our new real-time PCR protocol, which also detected P. jirovecii in three nasal aspirate samples that were negative for both rounds of nested-PCR. Furthermore, we read both rounds of the nested-PCR results for comparison and found that some samples with no PCR amplification, or with a feeble band in the first round, correlated with higher Ct values in our real-time Msg-A/mtLSUrRNA PCR. This finding demonstrates the ability of this new single-round protocol to detect low Pneumocystis levels. This new assay provides a valuable alternative for P. jirovecii detection, as it is both rapid and sensitive.
Filiaciones:
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO)-Salud Pública, València, Spain
Centro de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
Ponce CA:
Programa de Microbiología y Micología, Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile, Santiago, Chile
:
Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO)-Salud Pública, València, Spain
Centro de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
Bustamante R:
Programa de Microbiología y Micología, Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile, Santiago, Chile
Gatti G:
Programa de Microbiología y Micología, Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile, Santiago, Chile
San Martin V:
Servicio Médico Legal, Santiago, Chile
Gutierrez M:
Servicio Médico Legal, Santiago, Chile
Bórquez P:
Servicio Médico Legal, Santiago, Chile
Vargas SL:
Programa de Microbiología y Micología, Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile, Santiago, Chile
Magne F:
Programa de Microbiología y Micología, Facultad de Medicina, Instituto de Ciencias Biomédicas, Universidad de Chile, Santiago, Chile
Calderón EJ:
Centro de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
Hospital Universitario Virgen del Rocío, Instituto de Biomedicina de Sevilla, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), and Universidad de Sevilla, Seville, Spain
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO)-Salud Pública, València, Spain
Centro de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
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Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO)-Salud Pública, València, Spain
Centro de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBEResp), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain
Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2Sysbio), Universitat de València and Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), València, Spain
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